Giải phóng mặt bằng, tái định cư, bồi thường,... là những vấn đề cố hữu khi xây dựng thủy điện, dẫn đến tranh chấp triền miên, tồn tại đến nay (2016) [3][4][5].

Mặt khác việc xây dựng thủy điện Đồng Nai 3 và Đồng Nai 4 đã gây nhiều hệ lụy đối với môi trường - xã hội, tác động xấu đến hệ thống lưu vực sông Đồng Nai. Diện tích ngập và phá rừng lớn. Đập chính của Nhà máy Thủy điện Đồng Nai 4 chắn ngang sông Đồng Nai, nước từ dòng sông này được dẫn bằng đường hầm về nhà máy nằm ở xã Lộc Bảo phát điện rồi mới được trả lại dòng sông cách vị trí ban đầu khoảng 14 km, dẫn đến đoạn sông dài không có nước [6].